En 1998, Marie-Claude Pietragalla est nommée à la tête du Ballet National de Marseille et de son école pendant cinq ans.

Sous sa direction, 27 ballets sont mis au répertoire, totalisant plus de 300 représentations et 300 000 spectateurs. Elle chorégraphie 12 ballets pour la compagnie.

Elle inteprète entre autre : Lola etVoyageurs d'innocence (Brumachon) - Roméo et Juliette (Van Dantzig) - Le Sacre du Printemps (Maryse Delente) - Violin Concerto (Balanchine) ...

Elle crée et interprète Sakountala en 2000 : un ballet autour des oeuvres et de la vie de Camille Claudel, donné au Palais des Congrès de Paris en 2002.

C'est un véritable succès. Quarante danseurs et artistes de cirque sont ovationnés chaque soir. Plus de 40 000 spectateurs ont vu cette création.

En 2003, elle  présente  et danse au Théâtre du Toursky une création mondiale sur l’oeuvre de Léo Ferré : Ni Dieu Ni Maître, un voyage chorégraphique au coeur de la musique du chanteur compositeur.

Devant le succès remporté par les cinq représentations sur la scène mythique de l’Olympia, Marie-Claude Pietragalla montre que la danse contemporaine peut s’ouvrir à d’autres lieux.

Fin 2003, elle chorégraphie Don Quichotte, d’après l’oeuvre originale de Marius Petipa. Ni relecture, ni adaptation, c'est un pur travail de création qui allie modernité et tradition classique. C'est un immense succès salué par les critiques et le public.